يشرف المسجد على الميناء الشرقى بالأنفوشى وهو مبنى على الطراز الأندلسى وبه الأعمدة الرخامية والنحاسية وأعمدة مثمنة الشكل ، وأهم ما يميز المسجد الزخرفة ذات الطراز العربى والأندلسى، وتعلو القبة الغربية ضريح أبى العباس وولديه.
تاريخ تجديدات المسجد
في سنة 882هـ. 1477م. كان المسجد قد أهمل فأعاد بناءه الأمير قجماش الأسحاقي الظاهري أيام ولايته علي الإسكندرية في عصر الملك الأشرف قايتباي و بني لنفسه قبرا بجوار أبي العباس و دفن فيه سنة 892هـ.
و في عام 1005هـ.(1596م.) جدد بناءه الشيخ أبو العباس النسفي الخزرجى . و في عام 1179هـ-1775م و فد الشيخ أبو الحسن علي بن علي المغربي إلي الإسكندرية وزار ضريح أبي العباس المرسى فرأي ضيقه فجدد فيه كما جدد المقصورة والقبة و وسع في المسجد .
و في عام 1280هـ.(1863م.) لما أصاب المسجد التهدم و صارت حالته سيئة قام أحمد بك الدخاخني شيخ طائفة البناءين بالإسكندرية بترميمه و تجديده و أوقف عليه وقفا، وأخذ نظار و قفه فيما بعد في توسعته شيئا فشيئا .
و ظل المسجد كذلك حتى أمر الملك فؤاد الأول بإنشاء ميدان فسيح يطلق عليه ميدان المساجد علي أن يضم مسجدا كبيرا لأبي العباس المرسي و مسجدا للإمام البوصيري و الشيخ ياقوت العرش. وقام بوضع التصميم الحالي له المهندس المعماري الإيطالي ماريو روسي وتم الانتهاء من بنائه العام 1943 .